Au temps du Catholicos Abraham Bedros I (1742-1749), le clergé patriarcal était formé des Evêques et quelques religieux de St. Antoine qui en 1750 ont délaissé le couvent de Kreim et sont allés au couvent de Bzommar qui était nouvellement construit. Là-bas, ils ont commençé à vivre en communautés, comme les moines des couvents Arméniens de ce temps dont leurs chefs étaient le Catholicos – Patriarche et les Evêques.
Le Catholicos Hagop Bedros II (1749-1753), après avoir terminé la structure matérielle du couvent, a travaillé beaucoup pour fortifier la structure morale en mettant les bases d’une vie commune organisée dans le couvent de Bzommar. C'est ainsi qu'a pris naissance la congrégation patriarcale du clergé de Bzommar comme une congrégation liée au Siège Patriarcal comme une compagnie permanente qui était à la disposition du Catholicos d'une manière permanente et pour tous les domaines de la mission.

Le principal but de la Congrégation selon l’article No. 4 du livre des règlements publié en 1986 et ratifié par les Eglises orientales était:
a. de prêcher la foi Catholique dans la nation Arménienne.
b. D'offrir le poste sacerdotal pour le service du patriarcat, de la Congrégation et les lieux de la mission sous l'autorité du Patriarche, du successeur patriarcal de la Congrégation et des guides des diocèses selon la juridiction de chacun d'eux.
c. D'organiser les nouveaux membres de la Congrégation dans le séminaire congrégationaliste et leur mettre à la disposition du Catholicos pour servir les missions.
Dès le premier jour, ce qui a caractérisé le cénobite de Bzommar était de montrer sa disponibilité complète à servir le peuple arménien là où il était, suivant les directions du Catholicos qui était régulièrement le chef de la Congrégation même s'il n’était pas un cénobite. En effet, le Catholicos, le jour de son élection même, devint un cénobite et le chef de la Congrégation. Mais il gèrait immédiatement la Congrégation par l'intermédiaire de son successeur patriarcal qui était aussi le chef du couvent.
Par le pouvoir de leur chef, les cénobites de Bzommar pouvaient être considérés comme un groupe des apôtres qui étaient sujets à une autorité d'une manière permanente et qui ne pouvaient pas refuser aucune mission proposée à eux, sauf quand ils avaient une raison valable de refuser.
Ils ont inscrit des épisodes héroïques dans l'histoire de l'Eglise Arménienne Catholique par leurs sacrifices. Ils ont affronté dans les petites provinces de l'Asie Mineure et furent des batailles fratricides, plus tard, en Caucasie, ils ont accompli leur mission secrètement. Plusieurs d'entre eux étaient exilés, emprisonnés ou tués.
Durant le Génocide Arménien qui a constitué l'horreur humaine, 15 martyrs dont un entre eux était Sa Béatitude Iknadios Maloyan qui était le modèle du clergé du 21ème siècle, la gloire de l'Eglise Arménienne et l'Eglise Universelle et le fort protecteur de la Congrégation de Bzommar et de son grand séminaire.

a. Le chef de la Congrégation de Bzommar était le Catholicos Patriarche qui gérait la Congrégation à l'aide de son successeur patriarcal qui à son tour avec quatre Pères administratifs formaient le conseil administratif dont l'obligation était :
- d'administrer les biens et les richesses du couvent
- d'évaluer les profits moraux de la Congrégation
- d'animer son groupe apostolique
- de faire revivre son dépôt spirituel
- d'illustrer son rôle et ses trésors nationaux et culturels
- de renforcer sa subsistance historique en préparant de nouveaux cénobites selon les demandes spirituelles et nationales du 21ème siècle.

b. La Congrégation était dirigée par une constitution particulière ratifiée le 24 février 1986 de même par les décisions et les démonstrations des assemblées générales canoniques qui se réunissent une fois chaque six ans ou quand l'autorisation particulière du Catholicos Patriarche qui était le chef de la Congrégation et des Eglises orientales était nécessaire.